La presenza Valdese nel territorio trapanese risale alla seconda metà del 1800. Già tra il 1864 e nel 1870, animate da locali famiglie liberali e di ispirazione mazziniana, a Trapani si erano tenute alcune conferenze del pastore Augusto Malan, che avevano suscitato vivo interesse, tanto che i trapanesi avevano chiesto di avere un evangelista stabile.
Fu Gaetano Fasulo ad occuparsi della nascente comunità di Trapani. Organizzò il Concistoro, aprì la Scuola domenicale, non riuscì invece ad aprire una scuola diurna. L’opposizione iniziale fu talmente forte che Fasulo rischiò il linciaggio, da cui fu salvato grazie all’intervento dei carabinieri (lo stesso accadde durante una visita nel 1875 a Salemi); seguì un periodo di relativa tolleranza, in cui si placarono gli atti di violenza da parte della popolazione, ma continuò, in sordina, l’opposizione dei preti. Come emerge dalle lettere, Fasulo dovette affrontare situazioni critiche: ricorrere a un prestanome per avere una casa in affitto, rimanere senza domestiche perché queste si licenziavano. Riuscì infine a trovare una casa a fianco della cattedrale cattolica, dove poté tenere le riunioni di preghiera, la scuola domenicale e il catechismo.
L’originalità della presenza valdese nel trapanese è legata anche alla presenza anglicana a Marsala.
Nel decennio 1806-1815, la Sicilia divenne una sorta di protettorato britannico, in seguito all’alleanza tra Borboni e Gran Bretagna.
In particolare a Marsala fu la famiglia Ingham-Whitaker a fondare, all’interno delle proprietà antistanti il mare, la piccola chiesa di St. John. Dopo la cessione degli stabilimenti enologici alla Cinzano, nel 1929, una parte degli arredi venne trasferita nella Chiesa Anglicana di Marsala ma, un’altra parte d’essi (tracce si trovano ad esempio nel materiale per la S. Cena), venne donata alla nascente Comunità Valdese in città che, almeno in principio, vide la partecipazione ai propri culti dei pochi residuali membri della presenza anglicana in città.
La vita delle due Comunità valdesi, quindi, si svolge in parallelo fino ad incontrarsi nella prima metà del novecento.
Le diverse caratteristiche delle due città, sociali, economiche, culturali e anche politiche hanno impresso, nel corso del tempo, uno sviluppo diverso della presenza valdese.
Oggi la Chiesa di Trapani e Marsala è un’unica realtà con due Comunità nelle due città.
Vi è un unico Consiglio di Chiesa, in cui sono presenti di entrambe le Comunità.
Le alterne vicende e presenze pastorali hanno caratterizzato lo sviluppo di questa Chiesa consentendo tra la fine degli anni ’90 del 1900 e i primi anni 2000 di realizzare ben due nuovi locali di culto: a Marsala (vicolo Evangelista Pace, 5, 91025 Marsala TP) e Trapani (Via Orlandini, 38, Trapani).